Hunter × Hunter parla di un ragazzino di nome Gon Freecss. Tutto ha inizio quando Gon, nella foresta attorno a casa sua, incontra un giovane Hunter di nome Kaito, dal quale rimane molto colpito. Egli racconta a Gon che è in viaggio per completare la prova finale del suo addestramento da Hunter, che consiste nel trovare e raggiungere il suo maestro. Il ragazzo spiega a Gon che il suo maestro è il più grande Hunter del mondo e, da numerosi indizi nel racconto, egli capisce che quel maestro è in realtà il suo sconosciuto padre, del quale non ha mai avuto notizie, anche perché sua zia Mito gliele ha sempre negate. Il giovane, prima di partire, regala a Gon una licenza di Hunter, che si scoprirà essere appartenuta a suo padre. Scoperta finalmente una traccia verso il padre, Gon decide, contro il parere della zia Mito, di partecipare all’annuale esame per diventare anch'egli un Hunter, nella speranza di ritrovarlo.
Imbarcatosi sulla nave che l’avrebbe portato sul luogo dove si sarebbe svolto l’esame, Gon conosce dei giovani aspiranti Hunter come lui, che diventeranno i suoi migliori amici: Leorio, desideroso di guadagnare soldi per poter svolgere la sua professione di medico chirurgo, e Kurapika (Curarpikt), che sta svolgendo l'esame per poter vendicare lo sterminio del suo clan. Proprio la nave si rivelerà essere la prima selezione dei canditati all’esame, che tutti e tre passano. Giunti al porto di Dorè, il capitano della nave consiglia a Gon di raggiungere un cipresso alto, che sarebbe la via più sicura per arrivare al luogo segreto dell'esame. Durante il loro tragitto, vengono messi alla prova dal quiz "a doppia scelta", un altro test d'ammissione all'esame

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01. Hunter x Condizione x Addio
02. Incontro x Esitazione x Partenza
03. Orgoglio x Tempesta x Duello
04. Scelta x Scorciatoia x Strada lunga
05. Falso x Vero x Kiriko
06. Bistecca x Maratona x Esame
07. Trauma x Limite x Trappola
08. Prestigiatore x Sorriso x Bestie feroci
09. Muwnche x Si arrabbia x 2° prova
10. Insufficienza x Panico x Voce dal cielo
11. Esplorazione X Tenacia X Clandestino
12. Buono X Cattivo X Killua
13. D'accordo X Contrario X Trappola
14. Candela X Politica X Lite
15. Effimero X Vita X Majitani
16. Sasso X Forbici X Cuore
17. 3 persone X 5 persone X Ultima scelta
18. Tesoro X Ricordi X Camera
19. Separati x Diario x Inondazione
20. Mareggiata x Cannoni x Agitazione
21. 4° prova x 44 x Numero della morte
22. Trovato x Nascosto x Raggiunto
23. Hysoka x Scontro x Gon
24. Ferita x Rincontro x Finta allegria
25. Sinuosamente x Punge x Buco
26. Presidente x Colloquio x Test scritto
27. Hysoka x Curarpikt x Sussurro
28. Chiacchere x Ragionamento x Carattere
29. Promozione x Squalifica x Fine esame
30. Killua x Ritiro x Ritorno
31. Scioglimento x Festa x Legame
32. Turismo x Attrazione x Residenza
33. Addestramento x Cane x Sbam
34. Skateboard x Apprendista x Sentimenti
35. Killua x Punizione x Riunione
36. Moneta x rincontro x Abiti
37. Cielo x Lotta x Addestramento
38. Nen x Nen x Nen
39. Mossa segreta x Iscrizione x Battaglia
40. 2 mesi x Riposo x Nen per Nen
41. Bungee x Punch x Un punto, un incontro
42. Amore x Conclusione x Serietà
43. Talento x Tormento x Istinto
44. Pesce piccolo x Riordinare x Esame
45. Restrizione x Giuramento x Catene
46. Ritorno x Bentornato x Killua
47. Padre x Segreto x Dichiarazione
48. Curarpikt x Occhi x 1° Lavoro
49. Battito x Curarpikt x Divinazione
50. Killua x Soldi facili x Sito
51. Ragno x York Shin City x Riunione
52. Seminterrato x Distruzione x Mitragliatori
53. Brigata x Inju x Comunità
54. Hiskoa x Alleanza x Caccia
55. Ubo x Curarpikt x Melodia
56. Occhi Scarlatti x Combattimento x Vita
57. Gon x Tesoro x Uomo Pericoloso
58. Gon x Killua x Inseguimento
59. Tana x Cattura x Tecnica
60. Kurapika x Assassini x Zaoldyeck
61. Riunione x Famiglia x Battaglia
62. Kurapika x Compagni x Fine del ragno
63. Il Ragno x Vittime x Amicizia
64. Amici x Travestimenti x Missione
65. Appostamento x Imprevisto x Pericolo
66. Ostaggi x Vendette x Codici
67. Pakunoda x Dubbio x Dilemma
68. Provocazione x Litigio x Pugno alzato
69. Prigionieri x Trattativa x Rivincita
70. Ricordi x Sentimenti x Una nuova vita
71. Febbre x Piano x Asta
72. Elettricità x Aura x Colpo
73. Rem x Esame x Primo passo
74. Start x Magia x Città dei premi
75. Rivali x Addestramento x Carta
76. Inseguitori x Furto x Partenza
77. Banditi x Mostri x Biscuit
78. Regole x Allenamento x Strategie
79. Masadora x Progressi x Boomer
80. Esame x Allenamento x Promozione
81. Incontro x Kuroro x Il dado
82. Contatto x Razor x Forze congiunte
83. Riunione x Hisoka x Giochi sportivi
84. Il faro x 8 giocatori x Creatore del gioco
85. Palla x Aura x Pugno
86. Combinazione x Impatto x Bungee gum
87. Forza congiunte x Crisi x Al castello
88. Appostamento x Preparazione x Inizio battaglia - mirror h264
89. Biscuit x 3 esperimenti x L'ultimo duello - mirror h264
90. Orgoglio x Resistenza x Rivincita
91. Crudeltà x Determinazione x Apice
92. Gioco x Tutti liberi x Epilogo

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L'esame:
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Casa Zaoldyeck:
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Torre Celeste:
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Ritorno a Casa:
Episodio 046
Episodio 047
York Shin city
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